El primer asentamiento humano que hubo en Épila, se localizaba en lo que hoy conocemos como Cabezo de Ballesteros. Al menos así lo demuestran las excavaciones encontradas en la zona.
Se trata principalmente de cerámica, y huesos humanos, los que acreditan la ocupación de este cerro en la antigüedad. Los yacimientos datan del siglo VIII-VII antes de Cristo. Se cree que estuvo ocupado por gente indo-europea, que ya enterraba a sus muertos tras incinerarlos. Así lo demuestra la necrópolis de incineración o cementerio situada a escasa distancia del asentamiento encontrado. Curiosamente desde entonces hasta nuestros días, el cementerio no ha variado mucho su ubicación, puesto que ambos se encuentran muy cercanos.
Según nos muestran los vestigios encontrados, el cadáver se incineraba acompañado de las pertenencias más valiosas o significativas, y los restos eran introducidos en una urna de cerámica. Los restos de bronce semihundidos y la abundancia de útiles de hierro, se consideran como síntoma de una incipiente modernidad de esta sociedad. Todas las armas localizadas: puntas de flecha, puntas de lanza, puñales, restos de espada y fábulas están fabricadas en hierro, destinándose el bronce para adornos.
La riqueza ornamental de las cerámicas, presenta perfiles vanguardistas, teniendo en cuenta además, que se confeccionaban a mano. En esta época Épila, era conocida como Bispolis. Más tarde, ya bajo el Imperio Romano l se convirtió en Segontia, aludiendo a ser la segunda ciudad itinerario de César Augusta a Mérida. El puente sobre el río Jalón, fue construido durante el Imperio, y hoy todavía se mantiene como testigo del esplendor de aquella época legendaria.
Hacia el 473, Épila se ve conquistada por el pueblo godo. Una época de poco esplendor de la que poco se sabe y poco ha quedado. Los godos se introdujeron fácilmente en la localidad, sin demasiadas alteraciones para las gentes del pueblo. Hubo, eso sí, cambios en los niveles de autoridad a favor de la minoría visigoda. Los musulmanes llegaron después de los godos. Pero al igual que éstos, no encontraron a penas resistencia por parte de las gentes de la localidad. La ocupación se produjo hacia el año 714. Sin embargo, en algunas zonas rurales si hubo oposición. Aquellos que no quisieron someterse al mando de los musulmanes, se refugiaron y vivieron en las montañas del Norte. Este fue sin duda el germen del reino de Aragón. Fue precisamente el Rey Alfonso I el Batallador quien reconquistó Épila en el año 1119. Este rey mantuvo a la población musulmana, aunque eso sí, aquellos que ocupaban los cargos más significativos fueron obligados a abandonar Épila de inmediato. Al resto de los musulmanes se les dio un año para que abandonasen el interior del recinto amurallado. Se les ofreció la oportunidad de constituirse en comunidades, en barrios de extramuros y salvo la vivienda conservaron todo su patrimonio, heredades, religión, y derechos. Tras la reconquista, Épila fue entregada a D. López Garcés que cambió el apellido por el de Alagón. En esta época fueron derribados y destruidos el Castillo y muros de la villa. Las piedras que quedaron se emplearon para la construcción de viviendas. No fue hasta el siglo XIV cuando se comenzó la construcción del Palacio de Épila.
Épila ha sido una villa en la que se han librado varias batallas. Pero quizá la más importante y la que más leyendas haya levantado fu la Guerra de la Unión entre Pedro IV El Ceremonioso y los nobles en el año 1.348. En esta batalla los nobles perdieron y el rey les quitó todos los privilegios que tenían, y en el llamado Cabezo de la Horca fueron ejecutando a todos los cabecillas que lucharon contra el rey.
Hasta el siglo XVI la villa de Épila no vivió un verdadero esplendor cultural. Fueron los Condes de Aranda quienes influyeron decisivamente en el auge de este desarrollo cultural gracias a que posibilitaron la existencia en la entrada llegada a Épila de una imprenta durante el último tercio del siglo. Desde entonces la Villa fue conocida por sus impresores tales como Tomás Porraslis y Juan Pérez de Valdivielo o. Francisco M. López Serrano que llegaron a tener una gran fama. Todo ello contribuyó al desarrollo literario en la Villa, con escritores vinculados a la familia de los Urrea. Conocido es el caso de Pedro Manuel Ximénez de Urrea, señor de Trasmoz, autor de varias obras, entre ellas un cancionero publicado en Logroño en 1513. Otro autor, también del siglo XVI, fue Jerónimo Ximénez de Urrea, del que se conoce un novela pastoril, inédita y hoy perdida, que se titulaba La famosa Épila.
Fue una mujer, Doña Luisa de Padilla y Manrique quien se dio a conocer como autora de varias obras de carácter religioso y moral, entre ellas destacan los títulos Nobleza Virtuosa y Excelencias de la Castidad, ésta última dedicada a las religiosas del Convento de la Purísima Concepción. Sobre el año 1846, se pasó a la construcción del palacio cuyos muros de la pared oeste, de dos metros de espesor sirvieron como parte de la muralla.
En la guerra de la independencia contra Francia (24 de junio 1808) Épila fue tomada por las tropas francesas. Dirigidos por el General Lefebvre, derrotaron a los soldados del General Palafox, cuando éste trataba de cortar las líneas de abastecimiento enemigas. Esta batalla costó al ejército francés unas 800 bajas en su ejército. Derrotado, Francisco Palafox vio obligado a huir hacia Calatayud. Fue parte del ejército formado en Calatayud por Francisco de Palafox, para cortar las comunicaciones del enemigo entre Madrid y Zaragoza durante el primer Sitio y proteger los hornos de pólvora de Villafeliche. Como agradecimiento al pueblo de Épila y su lealtad a la corona, además de dotarle del rango de Excelentísima y Fidelísima Villa de Épila, el rey Alfonso XIII donó desde su nacimiento hasta su muerte todos los trajes de su vida que se guardaron y expusieron sin visitas en el palacio del Conde Aranda, hasta su desalojo por la Duquesa de Alba, cuando cedió el Palacio en ruinas al Ayuntamiento.
Épila por historia y población, durante un tiempo se mereció ser cabeza de comarca, en detrimento de la Almunia de Doña Godina. Durante un tiempo fue uno de los municipios de Aragón que se encontraba más avanzado industrialmente. Al poseer una Azucarera, una Destilería y unas minas en la serranía de Rodanas. la Azucarera, supuso un gran empuje para el crecimiento demográfico del municipio y del bienestar del pueblo. Este creció superando los seis mil habitantes y el barrio que se creó a su amparo disponía de agua corriente, un lujo en aquellos tiempos. Como subfilial de esta, se instaló la destilería que procesaba los desperdicios de la remolacha. Y a su vez los restos de la destilería, aun se aprovechaban, en los últimos años, para la confección de pastillas de caldos. En la serranía de Rodanas se explotó, sin éxito una mina al aire, la cual, era pobre en mineral y prácticamente se cerró a la par que la industrias locales. El cierre y traslado de la Azucarera y la Destilería a Jerez de La Frontera, acarreó un descenso demográfico importante, pues muchos trabajadores se marcharon al nuevo destino. Así que de los seis habitantes existentes se redujo a los aproximadamente a los más de cuatro mil habitantes de hoy en día.
Se produjo un vacío industrial y tecnológico importante, hasta la aparición de unas cámaras frigoríficas, para la conservación de frutas, al amparo de los nuevos hábitos agrícolas del momento, pues se cambió la siembra de remolacha, por el cultivo y explotación frutal. Siendo sus propietarios, el matrimonio emprendedor; Don Miguel Pérez Villa y Doña Pilar López Hernando, quien con ilusión y tesón levantaron su empresa. Hasta la llegada de las empresas al nuevo polígono industrial Valdemuel.
El acto de homenaje al Conde de Aranda dentro del bicentenario acontecido en 1998, en Épila, estuvo englobado en la cesión al pueblo del Palacio, por parte de su propietaria, la Duquesa de Alba. Este acto, promovido y con eco social estuvo coordinado dentro de una exposición, bajo el titulo «El final de una vida se escribió en Épila». El acto de la apertura al público del Palacio, fue armonizado por el propio Conde, que mediante la caracterización de un actor local y su séquito, mostraba, explicaba y guiaba a los visitantes por los entramados del palacio.
En la actualidad el sector agropecuario está disminuyendo en favor del industrial. Esto es debido al descenso en el precio de la fruta en España y en el envejecimiento de las explotaciones, con lo que disminuyen las producciones hortofrutícolas y la calidad de las mismas.
Agravando la situación del campo, las subidas de los tratamientos, el gasoil, la mano de obra y la importación de otros lugares europeos y extranjeros con una mayor calidad/precio o un menor precio. Así la gente del pueblo se ha volcado en la industria de la zona. De modo que esto disminuye a cero la tasa de paro de la comarca. Que abastece de gente al polígono industrial de Épila de Valdemuel y en breve abrirá de puertas a la autovía que enlaza Madrid-Zaragoza-Barcelona NII, el segundo polígono «El Sabinar».Sumando a esta tasa cero, la gente que trabajaba y trabaja en la General Motors de Figeruelas.